有兩種考馬斯亮藍：考馬斯亮藍G250和考馬斯亮藍R250。前者在結(jié)構(gòu)上比后者多兩個甲基。名字中的“G"是綠色的縮寫，因為考馬斯亮藍G250的藍色染料是淺綠色；名字中的“R"是紅色的縮寫，因為R250的藍色染料是微紅的；

">“250"代表考馬斯亮藍R250的純度。在生化實驗中，考馬斯亮藍R250常用在蛋白質(zhì)定量和蛋白質(zhì)電泳中的蛋白質(zhì)染色。

工作原理是：考馬斯亮藍R250經(jīng)過蛋白質(zhì)中氨基和羧基之間的靜電結(jié)合和范德華力與蛋白質(zhì)形成強但非共價連接的復合物。蛋白質(zhì)-染料復合物的形成穩(wěn)定了染料攜帶的帶負電荷的陰離子（例如磺酸基團），從而在膜或膠上產(chǎn)生肉眼可見的藍色。

考馬斯亮藍R250多用于電泳蛋白的染色，染色靈敏度相比氨基黑要高出5倍，可達0.1μg蛋白。考馬斯亮藍R250染色后，需要先褪色再觀察蛋白條帶。

考馬斯亮藍G250 盡然靈敏度較低，也可用作 R250 的替代品，是一種快速簡便的蛋白質(zhì)染色方法。它具有以下特點，即在pH 2.0以下，溶液為無色；pH 7.0 時，溶液呈深藍黑色；如果酸化，溶液是透明的棕褐色。當 G250 與蛋白質(zhì)結(jié)合時，溶液恢復為藍色，這主要是由于蛋白質(zhì)分子周圍的 pH 值較中性。在合適的條件下，當凝膠在酸化的 G250 溶液中染色時，它顯示出藍色的蛋白質(zhì)條帶，帶有淺琥珀色背景。

此法條帶顯影快，底色也很淺，條帶看起來清晰，不需褪色。G250 對大多數(shù)蛋白質(zhì)的檢測下限為 0.5 g。 雖然靈敏度有所降低，但操作快捷方便，與R250 染色相比最多可節(jié)省 11 小時。